ฎีกาบางคัมภีร์อาจมีสืบกันมาแต่ครั้งโบราณ และถูกนำมาเรียบเรียงอีกครั้งในยุคราว พ.ศ. 1400 - 1800 ซึ่งเป็นยุคที่มีฎีกาเกิดขึ้นมาก ซึ่งหลายคัมภีร์ที่เกิดขึ้นในยุคนี้ยังคงได้รับการยอมรับมาจนถึงปัจจุบัน. พระพรหมคุณาภรณ์ (ประยุทธ์ ปยุตโต) จะได้แสดงความเห็นไว้ว่า คัมภีร์หลังยุคฎีกามานั้นควรจะจัดอยู่ในประเภทอัตตโนมติ อย่างไรก็ตามในปัจจุบันที่ประเทศสหภาพพม่ายังพบว่ามีอาจารย์บางท่านจัดคัมภีร์ของตนไว้ในชั้นนี้อยู่ และในยุคหนึ่งประเทศพม่าเคยมีการเขียนฎีกาออกมามากจนมีคำว่า "ฝนฎีกา" เกิดขึ้น และบางคัมภีร์ก็แต่งขึ้นเพื่อค้านมติของพระฎีกาจารย์ ในยุคฎีกา จนมีกระแสต่อต้านเกิดขึ้นมากมาย เช่น คัมภีร์ปรมัตถทีปนีฎีกา ของพระภิกษุชาวเมียนม่า นามว่า แลดี สยาดอ ซึ่งแต่งค้านคัมภีร์อภิธัมมัตถวิภาวินีของพระสุมังคลมหาสามี เมื่อยุค พ.ศ. 1700 ที่หลักสูตรเปรียญธรรมประโยค 9 ใช้เรียนกันในปัจจุบัน เป็นต้น